Phòng Sinh thái biển có chức năng:

• Nghiên cứu các phương pháp luận và xây dựng cơ sở nghiên cứu bản chất của vấn đề sinh thái và môi trường của biển nhiệt đới.
• Điều tra, đánh giá hiện trạng, quan trắc và dự báo diễn biến chất lượng môi trường, khả năng tự làm sạch các thủy vực; xác định chỉ thị sinh học và ứng dụng chỉ thị sinh học trong cảnh báo ô nhiễm môi trường biển
• Nghiên cứu cấu trúc lưới dinh dưỡng, năng suất sinh học của các hệ sinh thái biển; đề xuất giải pháp khai thác và sử dụng hợp lý
• Nghiên cứu triển khai các công nghệ môi trường.
• Đào tạo nhân lực chuyên môn về môi trường và sinh thái biển

Phòng Vật lý biển gồm 07 cán bộ khoa học, trong đó:

• 02 Tiến sỹ
• 03 Thạc sỹ
• 01 Cử nhân
• 01 Kỹ sư