Phòng Thủy địa hóa được thành lập từ năm 1994 theo quyết định số: 30/HDH-QD của Viện Hải Dương Học. Phòng Thủy địa hóa đã đóng góp một khối lượng công việc lớn trong nghiên cứu môi trường trong đó lĩnh vực môi trường biển được chú ý nhất (65 bài báo liên quan đã được công bố). Phòng cũng đã tham gia tích cực vào công tác bảo vệ môi trường tỉnh Khánh Hòa. Sau gần 20 năm hoạt động và phát triển, tập thể phòng đã vinh dự được nhận giải thưởng môi trường toàn quốc năm 2008.